Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI) merupakan salah satu program studi pertama di lingkungan Jurusan Tarbiyah dan Keguruan STAIN Majene. Kehadirannya tidak terlepas dari berdirinya Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Majene yang diresmikan oleh Menteri Agama Republik Indonesia pada 12 November 2016 berdasarkan Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 39 Tahun 2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja STAIN Majene.

Sebagai tindak lanjut pembentukan STAIN Majene, Direktur Jenderal Pendidikan Islam melalui Surat Keputusan Nomor 871 Tahun 2017 memberikan izin penyelenggaraan Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI) pada jenjang Sarjana (S1). Sejak Tahun Akademik 2017/2018, Prodi PAI mulai menerima mahasiswa baru dan menyelenggarakan proses pendidikan yang berorientasi pada pengembangan kompetensi akademik, profesional, keislaman, serta penguatan karakter sesuai kebutuhan masyarakat.

Dalam perjalanannya, Program Studi PAI terus mengalami perkembangan, baik dari aspek tata kelola, kurikulum, sumber daya manusia, maupun sarana dan prasarana pembelajaran. Kurikulum senantiasa disesuaikan dengan kebijakan nasional, perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi, serta kebutuhan dunia kerja melalui pendekatan Outcome-Based Education (OBE) dan implementasi pembelajaran yang inovatif. Prodi PAI juga aktif mengembangkan budaya penelitian, pengabdian kepada masyarakat, serta menjalin kerja sama dengan berbagai lembaga pendidikan, pemerintah, dan mitra strategis untuk meningkatkan mutu lulusan.

Komitmen terhadap peningkatan mutu tersebut membuahkan berbagai capaian, salah satunya adalah diraihnya predikat Akreditasi Unggul dari LAMDIK. Capaian ini menjadi bukti bahwa Program Studi Pendidikan Agama Islam STAIN Majene mampu memenuhi standar mutu pendidikan tinggi dalam bidang pendidikan, penelitian, pengabdian kepada masyarakat, tata kelola, serta luaran lulusan. Hingga saat ini, Program Studi Pendidikan Agama Islam STAIN Majene terus berkomitmen menjadi pusat pengembangan pendidikan Islam yang menghasilkan lulusan profesional, berintegritas, moderat, inovatif, dan berdaya saing, sehingga mampu memberikan kontribusi nyata bagi kemajuan pendidikan Islam, masyarakat, serta pembangunan bangsa.